Der Flachlandtapir ist der größte Vertreter der drei in Südamerika vorkommenden Tapire. Man findet den Flachlandtapir in weiten Teilen Südamerikas östlich der Anden. Vor allem im Amazonasbecken, aber auch im Pantanal und im Llanos ist er anzutreffen. Er bewohnt dabei überwiegend Wälder mit tropischem Klima. hohen Niederschlagsraten und hoher Luftfeuchtigkeit. Dabei sucht er stets die Nähe von Flüssen, Seen oder Sümpfen. Teilweise besiedelt er auch offenere Landschaften, die aber von Dickichten durchsetzt sein müssen. In neuerer Zeit dringt der Flachlandtapir auch aufgrund von Landschaftszerstörungen häufiger in Plantagengebiete vor, die er entweder zur Nahrungssuche oder als Korridor zwischen verschiedenen Waldgebieten nutzt. Als einer der größten Pflanzenfresser in der Neotropis stellt er eine wichtige ökologische Komponente dar. Die Populationsdichte im Freiland ist auch auf Grund seiner einzelgängerischen Lebensweise sehr gering. Pro Quadratkilometer Wald kommt meist nur ein einzelner Tapir vor. Bedroht ist der Flachlandtapir vor allem durch die Bejagung wegen seines Fleisches und den Verlust des Lebensraumes für Ackerbau. Dadurch kommt der Flachlandtapir mittlerweile als Kulturfolger auf. Im Allgemeinen ist er noch häufiger, als die anderen Tapirarten zu finden. Dennoch sinken die Bestandszahlen stetig. Von der IUCN wird er daher als gefährdet gelistet. Lokal ist er sogar bereits ausgestorben. 2006 wurde ein Projekt ins Leben gerufen, dass einzelne Tapire wieder in Nationalparks ansiedelt. Der Flachlandtapir ist die häufigste gehaltene Tapirart, was nicht zuletzt damit zusammenhängt, dass er ein sehr friedfertiges Wesen besitzt. In manchen Gebieten Südamerikas werden die Tiere gar als Haustiere gehalten. In den Deutschen Zoos ist er 17 Mal zu finden, im restlichen EAZA-Raum weitere 148 Mal (Zootierliste Stand: 06.12.2021).